Program Studi Ilmu Pemerintahan mulai terbentuk diawali dengan adanya niat pemerintah provinsi Papua dan Uncen dalam rangka mengembangkan sumberdaya tata pemerintahan. Oleh karena itu pada Pada tahun 1993 di bukalah Program Diploma (D3) Ilmu Pemerintahan yang bekerjasama dengan pemerintah daerah Provinsi Papua (waktu itu masih disebut dengan Irian Jaya) dan Fisip Uncen di bawah Jurusan Ilmu Administrasi dan yang menjabat sebagai ketua pengelola pada waktu itu adalah Yosep Lerux dan sekertaris Drs. Paul Homers,M.Si. (almarhum).
Setelah tiga tahun kemudian yaitu pada tahun 1996, Prodi D3 Ilmu Pemerintahan berkembang dan dialihkan pengelolaannya dari Pemda Provinsi Irian Jaya ke Universitas Cenderawasih dengan menjabat sebagai ketua prodi pertama adalah Drs.Paul Homers.M.Si.
seiring akan kebutuhan para sarjana ilmu pemerintahan, maka Pada tahun 2001 Prodi IPM dikembangkan dari Diploma 3 menjadi Strata Satu, upaya tersebut berhasil dan disetujui oleh pemerintahan Republik Indonesia melalui Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan mengeluarkan SK pendirian Program Strata Satu Ilmu Pemerintahan membawahi Program Diploma 3 dan kepercayaan menjadi ketua program studi adalah Drs. Frans Kapisa.
Hingga tahun 2020, telah tercatat sudah terjadi pergantian kepemimpinan program studi yaitu :
- Yosep Lerux (1993 – 1996)
- (alm) Drs.Paul L. Homers (1996-2001)
- Drs. Frans F.Kapisa,M.Si. (2001-2005)
- Drs.Hendrik B. Bleskadit,M.Si. (2005- 2007)
- Drs. Untung Muhdiarta, M.Si. (2007-2009, 2009-2014)
- Edward Kocu, S.Sos.,M.Si. (2014-2018)
- (alm) Yan H. Bonsapia (2018-2019)
- Renida J. Toroby, S.Sos.,M.Si. (2019 – 2023)